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Platina
Oxida-
ción
Tapona-
do
Destritilación
Antes de la destritilación, el soporte se lava con acetonitrilo para eliminar los reactivos
del paso anterior. Tras la destritilación, el soporte se vuelve a lavar con acetonitrilo.
La destritilación se lleva a cabo con ácido dicloroacético (DCA) al 3 % en tolueno. Según
el volumen de trabajo, un tratamiento de 2 a 5 minutos basta para que se produzca
esta reacción, aunque la cantidad de reactivo de destritilación es más importante que
el tiempo.
Cuando se libera el grupo DMTr, se monitoriza con luz UV para medir la eficiencia del
acoplamiento. La cantidad de DMTr liberado tiene relación directa con la cantidad de
oligonucleótido de longitud completa del soporte sólido (es decir, con la cantidad del
último nucleótido agregado).
Nota:
Acoplamiento
El acoplamiento se produce cuando una mezcla de amidita y de un activador en aceto-
nitrilo seco atraviesan el soporte sólido. El activador empleado es una amidita activada
que se conoce como derivado de tetrazolio.
La amidita se convierte, por reacción con el activador, en un derivado de tetrazolio que
contiene un grupo fosfito de alta reactividad (vea la siguiente imagen).
ÄKTA oligopilot plus Instrucciones de funcionamiento 28959748 AE
Descripción
El triéster de fosfito se oxida en un fosfotriéster mediante yodo/agua en pi-
ridina.
Nota:
Si se desean enlaces de fosforotioato en esta etapa, utilice un reactivo de
tiolación en lugar de yodo/agua como reactivo de oxidación.
Los grupos 5'-hidroxilo sin reacción se convierten en acilatos, lo que impide
la formación de productos oligonucleótidos heterogéneos.
Un tratamiento excesivamente ácido puede desembocar en la despurini-
zación de la adenosina, con la consiguiente fractura en la cadena del oli-
gonucleótido al desproteger el producto final. Puesto que la ruptura no se
produce hasta haber terminado la síntesis, no puede detectarse durante
la monitorización del DMTr.
Trabaje en condiciones de destritilación que minimicen la despurinización
de la amidita A estándar.
C Química de síntesis de oligonucleótidos
C.5 Ciclo de síntesis
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